No meio da temporada 2001-02 Benny McCarthy foi emprestado pelo Celta de Vigo para o Porto, então treinado por José Mourinho. O avançado sul-africano estreou-se com a camisola do clube em 10 de fevereiro de 2002, no jogo em que o FC Porto derrotou o Benfica por 3-2. No Porto, conseguiu a excelente marca de 12 golos em 11 jogos no Campeonato Português.

Depois de ter manifestado o desejo de sair do Porto, o jogador teve de retornar ao Celta de Vigo. Mas a temporada não foi como Benny McCarthy esperava pois jogou apenas 14 jogos, nos quais marcou apenas 2 golos.

O sul-africano estava determinado a sair do Celta de Vigo, e o clube acabou aceitando a negocia-lo, na temporada 2003-04, para o Porto, desta vez em definitivo.

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Benny foi um jogador crucial em umas das melhores temporadas da história do Porto, onde conquistou a Primeira Liga e a Liga dos Campeões. O atacante foi o melhor marcador da Primeira Liga com 20 golos e na Liga dos Campeões marcou 4 golos. Conquistou ainda uma Supertaça de Portugal.